本学園では課外活動も大切な教育活動の一環と考えています。部活動には全員が参加し、活動は週2日、17時までを原則としています。始業前や放課後などの自主練習も盛んにおこなわれています。中学生の指導を高校生が担当する部も多く、それぞれが創意工夫をしながら熱心に取り組んでいます。グループ活動は、部活動にない活動をしたい生徒が集まって設立されます。参加は原則として中2以上で、現在約20のグループが活動しています。
栄光学園生徒会は、生徒が自らの学園生活についての自覚を持ち、教員団から自立して学園生活を自らの手で改善していく、「生徒の自立」の実現を最大の目的として設立される。具体的に目指すことは、以下の3項目である。